Parallèlement vit au Japon une jeune lycéenne, Kirika Yûmura, qui a tout oublié de son passé. Elle s'est réveillée un bon jour dans une maison déserte qui est sensée être celle de ses parents partis en voyage, mais tout ceci n'est visiblement qu'une couverture soigneusement préparés par quelqu'un. A aucun moment, Kirika n'a pu joindre ces parents, par exemple. D'autre part, elle est persuadée d'être Noir, une tueuse reconnue dans le milieu mais c'est son seul souvenir. A son réveil, elle a d'ailleurs trouvé une arme de poing laissé par son mystérieux "bienfaiteur" et sait parfaitement s'en servir. Un jour, elle a été attaquée par des tueurs et elle s'est débarrassée de ses adversaires avec une facilité déconcertante.
Cependant, elle est rongée par le remord quand elle commet ces meurtres et veut connaître sa véritable identité. Un des objets laissés dans la maison a un lien étroit avec la vie de Mireille. Kirika décide donc de la contacter pour l'inviter à un "pélerinage dans le passé". Intriguée par ce lien et ce qu'il pourrait révéler, Mireille prend Kirika comme associée et le duo s'attribue Noir comme pseudo.
Les premières missions se déroulent sans trop d'écueils mais rapidement, les deux filles se retrouvent confrontées à la mystérieuse organisation criminelle, Soldat, qui les prend pour cible.



